Il faut trouver le bon rapport : qualité vidéo / performance de ta carte graphique
720 me semble être une bonne qualité.
Ensuite pour imovie je ne connais pas trop, si c'est pour du montage tu exportes en MP4, c'est le meilleur rapport qualité/performance, si tu veux juste convertir je te conseille plutôt ça :
handbrake.fr
Dans mon souvenir ça ne gère pas le .flv mais Video-SL doit les lire (à vérifier)
Et sinon, si tu veux être tranquille :
store.apple.com